校門口＆警衛室
建校初期，校門題字「國立陽明醫學院」，1994年改制大學後改為「國立陽明大學」，2021年合校後維持「國立陽明大學」題字至今。
2020年因舊警衛室與牌樓間距過窄 ，故拆除舊警衛室，拓寬人行步道、增加植栽及夜間照明，以提供寬敞之人行步道。
▲醫學院時期校門
▲大學時期校門
▲警衛室
致和樓(致和園區)
校門口左側「致和新村」，原為臺灣省訴願委員會眷舍。1996年起由本校承租，陸續進駐創新育成中心，榮陽基因體研究中心等新單位。2005年移交為學校用地，改稱「致和園區」，骨科器材研發中心、人工髖部研究中心、宜蘭生物醫學科技園區籌備處、信望愛臍帶血基金會等單位持續加入。
園區內「致和樓」，原為經濟部礦務局訓練中心，由學校向國有財產局借用。2006年臺北市長馬英九任內，將該建物無償撥用本校。2017年曾規劃興建生物醫學科技發展大樓，最後仍無疾而終。2021年合校後，為打造智慧健康生活基地，2022年拆除致和園區舊建築（除致和樓外），目前暫時做為停車場使用。
▲早期校門左側鳥瞰(左)及致和新村一景(右)
▲致和園區成立後鳥瞰
▲榮陽基因體研究中心
▲今日致和園區入口(左)，致和樓入口(右)
▲停車場
西安樓
西安街研究生宿舍於2006年完工，其中部分樓層作為陽明牙醫診所及育成中心營運。
2012年更名為西安樓（Xi-An Building）。2021年，「陽明交大領航物理治療所」成立並進駐西安樓三樓，成為物理治療暨輔助科技學系的教學示範中心。
▲原西安街空地
▲完工之西安樓
山下運動場→傳統醫學大樓甲棟＆ 乙棟(生物醫學大樓)、圖書資訊暨研究大樓＆球場
山下運動場涵蓋現今傳統醫學大樓、圖資大樓、網球場及排球場，其中傳統醫學大樓最早是山下操場，圖資大樓是籃球場，而山下運動場於于俊院長時期規劃遷移至山上。
傳統醫學大樓由國立中國醫藥研究所出資興建，建築物分甲、乙棟於1996年落成啟用。甲棟為靠近校門口之衛生福利部國家中醫藥研究所；乙棟由學校獲得營運及使用權，當時生命科學院的生化所、微免所即由實驗大樓遷移至乙棟，2019年乙棟更名為生物醫學大樓。
2006年圖資大樓落成啟用，提供圖書館、腦科學研究所等行政、教學及研究單位進駐，圖書館於2006年2月開學時自舊館（現醫學館）搬遷至圖資大樓1-3樓，並於同年校慶日5月15日舉行圖書館啟用典禮。
▲山下運動場
▲1993年運動會於山下運動場集合
▲興建中的傳統醫學大樓甲棟與乙棟
▲傳統醫學大樓甲棟
▲生物醫學大樓
▲圖書資訊暨研究大樓
▲球場與傳統醫學大樓甲棟
室內運動場→生活文化廣場→守仁樓、郵局
1952年建立之臺灣省物資局倉庫，於1985年撥給本校作為室內運動場使用，2001年10月啟用為「生活文化廣場」，具餐飲、休閒、閱讀、展演等機能，成為陽明師生與社區居民共享之活動天地與藝文空間。2017年「頂尖研發大樓」完工啟用，並正式命名為「守仁樓」，作為教學、研究與演講廳空間。
▲1985年室內運動場
▲生活文化廣場
▲守仁樓
榮光幼稚園→博雅中心
1977年，陽明醫學院與臺北榮民總醫院合蓋榮光幼稚園，2001年將土地撥用本校，2006年底榮光幼稚園遷回北榮院區。原幼稚園區域於2012年底重新整修後啟用，更名「博雅中心」，學務處、軍訓室等單位進駐。2013年陽明書坊與咖博館進駐，營運至2016年結束。2017年，該空間由臺灣惠蓀咖啡陽明店接手營業。
▲早期榮光幼稚園
▲2006年榮光幼稚園
▲2013年咖博館與陽明書坊
▲博雅中心與惠蓀咖啡
活動中心
1996年學生活動中心啟用，為地上6層，地下1層之建築，由陳其寬建築師事務所設計，提供全校師生從事集會、休閒、運動等活動之場所。
▲活動中心興建與完工
室外游泳池→室內游泳池
游泳池最初建於1986年，歷經20餘年使用，因結構老化產生安全疑慮，於2010年停用拆除。隨後進行重建，改為室內溫水游泳池，並於2015年正式啟用。
▲舊游泳池舉辦水上運動會情景
▲2015年新游泳池完工
BEATA餐廳
學生餐廳由張德霖建築師事務所設計，1976年完工啟用，原名為「中餐廳」，為全校師生休憩用餐場所。2020年學生餐廳重新裝修，改名為BEATA（拉丁文「最快樂幸福的人」），轉型為多功能空間，其中三樓空間命名為「人良閣」，可供師生舉辦講座或聚餐、聯誼等活動。2024年入選「臺北市老屋新生大獎BEST 10」。
▲早期陽明醫學院排隊與用餐景象
▲BEATA餐廳
院長官邸→韓偉故居
韓偉故居原為院長官邸，1990年學生輔導中心（現健康心理中心）搬遷至官邸，原本空間僅為一樓車庫，後擴張到餐廳、客廳，最後整棟樓層皆為中心所用。1995年學生輔導中心搬遷至活動中心6樓，2022年重新整修為「韓偉故居」，擺放韓偉院長文物、手稿，恢復當年部分擺設，供預約參觀。
▲1994年山腰上的家
▲2025年韓偉故居
護理館
護理館於1993年完工，為一棟粉紅色建築，當時命名為「護理系暨復健系大樓」。除了遷入護理系所，部分系所辦公室亦跟著進駐，包含傳醫所、臨醫所、醫學系、醫管所和衛福所。雖然大樓名稱有復健系（現物理治療暨輔助科技學系），但至始並未遷入。
行政大樓
行政大樓為張德霖建築師事務所設計，位於圖書館（現醫學館）下方，於1988年完工啟用。
醫學館→醫學二館
醫學館於1984年7月完工啟用，2006年醫學館搬遷至新醫學館（原圖書館），舊醫學館改名為醫學二館。4樓包含國際會議廳與已故沈力揚教授所創之外科訓練中心，於2001年獲企業捐贈改名書田外科訓練中心。
醫學館4樓曾是學務處各業務單位（生輔組、課輔組、衛保組、就輔組、僑輔組等）及軍訓室之辦公室，直至2012年底搬遷至博雅中心。
▲醫學二館改建前(左)與後(右)
牙醫館
牙醫館為宗邁建築師事務所設計，於1981年完工，成為全臺首座獨立牙醫系館。其特色為依山而建，樓層順應山勢攀升，部分對外窗及大講堂採斜面設計，而內部設施規劃皆配合牙醫專業課程建置。
▲1994年牙醫館
▲1990年牙醫館前噴水池
圖書館→醫學館
1979年圖書館獨立建築落成啟用，2006年遷移至圖資大樓，原址則改為醫學館，供醫學系師生使用。
▲1994年舊圖書館及館外空地
▲2023年醫學館
教學大樓(活動中心、第一教學大樓、通識教育中心)
1978年教學大樓完工啟用，後於1990年代改名為第一教學大樓，早期作為活動中心使用。2019年第一教學大樓又改名回教學大樓。
知行樓(第二教學大樓、通識教育中心、人文藝術與社會學院)
第二教學大樓於1992年9月正式啟用，2019年與人文社會教育中心大樓整合改名為知行樓，而現在人文社會教育中心位於知行樓前棟。2024年9月因應合校，合併兩校區人文社會學院，改名為人文藝術與社會學院，同步於第二教學大樓掛牌，但保留原「人文與社會科學院」字牌。
▲陽明20周年校慶開幕式暨卡拉OK大賽，於當時被稱為音樂前廳的第二教學大樓穿堂舉行
▲1996年作為通識教育中心使用的第二教學大樓
▲2025年第二教學大樓及人文藝術與社會學院
實驗大樓
1974年實驗大樓竣工，為四層鋼骨水泥建築，由張德霖建築師事務所設計，供基礎醫學施教之用，為本校第一棟建築。創校時亦作為首屆新生的住宿、教室、實驗室、飯廳，以及學校行政單位使用。（摘錄自《篳路藍縷》）
▲1974年實驗大樓竣工外觀
▲在實驗大樓前階梯合照，是許多畢業生的回憶
生醫工程館（研究大樓）
研究大樓於1986年落成，位於實驗大樓東側，樓高六層。最初，一二樓為為醫技系館，三至五樓為生理學、藥理學及醫用遺傳學等各研究所，六樓則暫作為新設護理系教室與辦公空間。2019年研究大樓更名為「生醫工程館」。目前，生醫工程館內設有生物醫學暨工程學院相關系所、藥學系，以及陽明創客空間等單位。
▲研究大樓外觀
▲2023年生醫工程館
▲2024年生醫工程館門口改裝
實驗動物中心
為了解決醫學系飼養實驗動物的問題，解剖科主任哈鴻潛協同建築師張德霖前往美國賓州州立大學 Hershey 醫學中心，研究該院的動物中心研究設備，並根據該中心的建築資料著手設計，於1984年成立陽明醫學院實驗動物中心。
▲1994年實驗動物中心
▲2023年實驗動物中心
山頂運動場
▲2020年山頂運動場空拍
山頂運動場於1994年啟用，設有田徑場、足球場、籃球場、排球場及高爾夫球場。高爾夫球場因占用私人土地，2018年拆除。
▲1992年施工前之山頂運動場
▲1994年第二十屆運動會運動員進場於山頂運動場
榮陽隧道
建校初期，張德霖建築師負責校區規劃時，發現陽明醫學院與臺北榮民總醫院之間因山丘阻隔雙方通行，經地質探勘後，建議以挖掘隧道取代昂貴的開挖式道路設計。隧道於1974年4月完工通車，建設費用由榮總分擔一半，最終命名為「榮陽隧道」，成為連接陽明與榮總的重要通道。
▲1974年即將完成之榮陽隧道
▲學生騎機車於榮陽隧道前合照
女一舍
1978年完工啟用，女一舍舊名彩虹樓。1982年因新女舍完工，女生宿舍搬遷到女二舍，原址則改為男四舍。1993年女舍自治會計畫發起女舍徵名活動，因中庭種植一株美麗風雅的藍花楹，改名「藍楹軒」。
女二舍
1982年完工啟用，1993年女舍自治會計畫發起女舍徵名活動，因花園中悠然少聞的桂花飄香，改名「桂香居」。
女三舍
1980年完工，原為男三舍，現改名為女三舍。
女五舍＆男五舍
2016年完工啟用。
男一舍
1977年2月完工啟用，樓高五層，共可容240人。
男二舍
1977年12月完工啟用。
男三舍
1992年5月完工，原為男五舍，現改名男三舍。
