陽明醫學院時期
韓偉院長
任期：1975-1984
韓院長畢業於國防醫學院醫學系，考取公費留美，民國49年獲美國賓州大學生理學博士學位。59年應聘出任中原理工學院院長，任內教澤卓著。本校前身陽明醫學院創校後，政府當局借重其專業及行政管理長才，敦聘為首任院長。任內陸續規劃並完成醫學教育理想及軟硬體建設，為陽明建構出特有的立校精神與風格。
于俊院長
任期：1984-1990
于院長畢業於國防醫學院，曾任教於國防醫學院後轉職臺北榮民總醫院，歷任臺北榮民總醫院放射線部主任及副院長。于院長以「平實、負責、自我肯定」之理念，任內完成多項建樹，如：護理學系、興建護理系館、設立共同儀器中心、爭取教師員額擴編、搬遷體育場等。
陽明大學時期
韓韶華院/校長
任期：1990-1994院長；1994-1996校長
韓院長畢業於國防醫學院，獲得美國華盛頓大學博士學位，專長為免疫學。曾任國防醫學院教授及臺北榮民總醫院醫學研究部主任。擔任陽明院（校）長期間，致力推動並完成多項建樹，如：陽明改制、訂定中長程校務發展計畫、校園整體規劃及促進兩岸醫學交流等。韓院長亦為陽明醫學院奉核改名陽明大學後之第一任校長。
張心湜校長
任期：1996-1999
張校長畢業於國防醫學院，曾任臺北榮民總醫院外科部主任、本校醫學院院長，經公開遴選後張校長成為陽明第二任校長。張校長就任即以「育材濟世」為理念，致力推動多起醫學制度改革及建教合作案，並加強與生技產業界合作等。
曾志朗校長
任期：1999-2000
曾校長為美國賓州州立大學博士，專長為認知心理學。曾任國立中正大學社會科學院院長、本校副校長兼通識教育中心主任，並於民國83年榮膺中央研究院院士。任內致力推動本校在生命科學研究領域之卓越研究，以及執行教育部二項「國家發展卓越計畫」。89年獲邀入閣擔任教育部部長，校長職務由教務長吳妍華教授代理。
吳妍華校長
任期：2000-2001年代理；2001-2009年；2009-2010年代理
吳校長為國立臺灣大學農業化學系畢業，臺灣大學生化研究所碩士，美國田納西大學生化博士。民國89年膺選為中央研究院院士。任內完成之重大建樹包括:與清華、交通、中央等大學合組「臺灣聯合大學系統」；成立基因體學研究暨發展中心；動工興建圖書資訊暨研究大樓、西安街研究生宿舍並落成啟用；執行教育部「發展國際一流大學暨頂尖研究中心計畫」；獲行政院無償撥用致和園區三千多坪土地及房舍；增設人文與社會科學院；成立陽明大學附設醫院等。
梁賡義校長
任期：2010-2017
梁校長為國立清華大學理學院數學系學士，美國南卡羅萊納大學理學院統計所碩士，美國華盛頓大學公衛學院生物統計所博士。畢業後即任教於美國約翰霍普金斯大學公共衛生學院生物統計學系；專長為生物統計、遺傳流行病學。民國91年膺選為中央研究院院士。92年7月返國擔任國家衛生研究院副院長至95年8月期間並代理國家衛生研究院院長半年。任內完成重大建樹包括執行「邁向頂尖大學計畫」；重建游泳池；推動藥物科學院運作並力促成立藥學系；興建教師及學生新宿舍與守仁樓。
高閬仙代理校長
任期：2017/12/1-12/28
高代理校長國立臺灣大學農業化學系畢業，國立臺灣大學農業化學碩士，美國麻州州立大學生化博士。專長為分子細胞神經生物學、細胞內鈣離子調控、神經傳導物質分泌機制、神經退化性疾病病生理。曾任本校生命科學系暨基因體科學研究所所長兼系主任、生命科學院院長、腦科學研究中心主任、教務長、副校長
郭旭崧校長
任期：2017/12/29-2021/1/31
郭校長畢業於本校醫學系，為第一屆校友，國立臺灣大學公共衛生學研究所預防醫學組碩士，美國耶魯大學衛生政策博士，美國哈佛大學甘迺迪政府學院高階管理(senior executive fellows)學程；自80年起返本校任職醫學系社會醫學科副教授，曾兼任醫學系副主任、社會醫學科主任及主任秘書；90年至91年間任於行政院衛生署企劃處處長；91年至93年擔任駐美國臺北經濟文化代表處衛生顧問；92年至93年擔任行政院SARS防治及紓困委員會聯絡處主任；93年至99年、103年至105年任行政院衛生福利部疾病管制局局長、疾病管制署署長；並於106年由蔡英文總統特聘為無所任大使，亦任臺北醫學大學公共衛生學院講座教授。